Октябрьская революция внесла свои коррективы в жизнь Свято — Троицкого монастыря. В 20-е годы появились так называемые обновленцы, которым потворствовала богоборческая власть.. В 1923 году 7 августа монастырь был опечатан, а его охрана временно поручена секретарю общины Решетникову и члену общины Носареву. Но уже в первой половине сентября обитель была разграблена, причем львиную долю имущества распределили между собой хозяйственный отдел губисполкома, отдел народного образования, коммунхоз. Изымалось все — от митр и архиерейских посохов до последней табуретки. Оставался лишь вопрос о судьбе могилы святителя Филофея.
Якобы с целью сохранения останков его решили перезахоронить в Вознесенско-Георгиевскую церковь. Однако в музее атеизма остался гробик митрополита Филофея, который числился под номером 1647. Он был вскоре сожжен, как сказано в акте, за невостребованностью православными верующими. — Считалось, что святые мощи, от которых люди 200 лет получали исцеление и помощь, сожжены. Но, собирая материал для книги о святителе Филофее, я нашел в архивных документах под грифом «секретно», — рассказывает дальше архимандрит Тихон, — опись содержимого гробика. Там перечислены ткань парчовая, крест и так далее и сказано, что признаков человеческих останков нет. Выходит, сожгли пустой гроб, набитый тряпьем. Так возникла идея поиска останков митрополита Филофея.
Первая попытка найти мощи святителя состоялась в 2000 году, но склеп у входа в Троицкий собор нашли пустым, в кирпичной кладке сохранилось лишь незначительно количество деревянных фрагментов сгнившего гроба. В 2003 году наместнику Троицкого монастыря архимандриту Тихону передала завещание внучка священника, который принимал последнюю исповедь у человека, который перезахоронил останки святителя Филофея. В завещание было написано, что мощи были захоронены у левой колонны Георгиево-Вознесенского храма города Тюмени. С этого момента велись поиски мощей, было несколько неудачных попыток (у левых колонн разных приделов храма).
25 июля 2006 года рабочие, которые вели работы по укреплению фундамента в храме на глубине 0,75 метров наткнулись на дерево, которое оказалось деревянной балкой. Глубже был обнаружен край кирпичного склепа. После вскрытия его верхней арки обнаружили деревянный гроб. Через месяц после очистки склепа от земли и раствора в присутствии архиепископа Тобольского и Тюменского Димитрия гроб был вскрыт. Экспертная комиссия установила, что эти перезахороненные останки принадлежат митрополиту Филофею. Наличие епитрахили и серебряного креста указывали на принадлежность останков. На рассвете 21 октября прошлого года останки митрополита Филофея перенесены из Вознесенско-Георгиевского храма на другой берег Туры — в Свято-Троицкий монастырь